塱原濕地聞名於港，甚至於世界，全關係於一宗本港史上最受市民關注的生態保育事件。
從生態價值來看，塱原這片土地面積廣闊開揚，而且人為干擾少，還有因活躍的農耕活動而造就的不同類型的小生境，為大量野生動物提供所需食物及棲所，特別是雀鳥，塱原的濕地環境為大量的越冬候鳥及淡水濕地獨有的雀鳥品種，提供一個非常理想的棲息地，如林鷸和黑翅長腳鷸等。
在2000年時，九廣鐵路公司(現易名為香港鐵路有限公司)建議興建上水連接至落馬洲的鐵路支線，以舒緩羅湖車站的擠迫情況。原本建議的支線行車路線是設架空車橋橫越塱原濕地中心，但此舉將會令這連片的濕地環境被割成小塊，增加「片斷化」的干擾，因而大大減低野生動物生存和棲息的機會，嚴重破壞塱原的生態及景觀。 雖然九鐵公司根據環境影響評估條例(EIA)的要求，建議在架空車橋下及附近建立人工濕地，以補償因工程而受破壞的塱原濕地。可是，這並不能彌補因濕地受到破壞而導致的生態系統失衡。生境一旦遭受破壞，所影響的不只是動植物的生存空間，甚至是土壤、水源、農耕活動、鄉郊景色及文化亦會隨之而改變或消失。當時社會各界人士及多個環保團體都反對此項計劃，而最後環保署亦拒絕發出環境許可証，令支線未能動工。最終九鐵將原訂計劃擱置，改以挖掘鐵路隧道越過塱原濕地。
隧道挖掘工程完成後，鐵路於2007年通車。
什麼是「片斷化」呢 ? 生態學理論上，愈細小的生態環境面積，可以支持的生物物種的數量愈小。換句話說，一片面積很大的濕地，會比分割成多份的小濕地擁有更多不同種類的生物。生境片斷化在香港一個非常嚴重的生態問題，因發展工程令多處重要的生態熱點被破壞。細小面積的濕地內，我們再找不到任何可以支持雀鳥群落的生態系統。例子如淡水濕地特有的珍貴鳥類─彩鷸，當時估計在香港只有二十至三十隻的留鳥，但隨著錦田濕地受鐵路工程破壞之後，現時大部份紀錄都集中在松柏塱這片小生境內。
